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La forma de las proteínas puede verse afectada por el calor, los ácidos, las sales y la acción mecánica. Este cambio de forma se llama "desnaturalización" (modificación de la estructura natural) y, como consecuencia de este proceso, se producen variaciones en las texturas de las preparaciones. Las proteínas globulares se despliegan, y esto aumenta su afinidad con el agua. El estado final de la desnaturalización es la coagulación, en cuyo transcurso las proteínas se unen unas con otras, adquieren una forma diferente a la nativa y dejan pocos enlaces libres para relacionarse con el medio.

Los agentes desnaturalizantes como el calor, ácidos o bases, agitación, rayos x, oxidación o reducción, sales de metales pesados etc, actúan rompiendo las atracciones interpartícula como los enlaces de hidrógeno y puentes salinos. Desaparece la estructura secundaria, terciaria y cuaternaria, manteniendo el esqueleto covalente de la cadena polipeptídica. Al destruirse la ordenación tridimensional característica de la proteína la o las cadenas polipeptídicas se despliegan o desenrollan originando estructuras al azar.

 Al desnaturalizarse la proteína pierde la actividad biológica y casi siempre la proteína coagula.

 Reacciones de desnaturalización y coagulación:

• Calor: El calor hace que las moléculas vibren demasiado violentamente rompiendo enlaces de hidrógeno y puentes salinos. Provocando la desnaturalización y coagulación de la ovoalbúmina (como cuando cocinamos un huevo). Este método se emplea, muy a menudo, para investigar la presencia de albúmina en la orina.
• Alcohol: Precipita la ovoalbúmina, en seguida de agregado el alcohol la desnaturaliza por deshidratación de la micela.
  

¿Qué ocurre cuando utilizamos alcohol o alcohol en gel como desinfectante?  Se utilizan como desinfectantes (destrucción de microorganismos en objetos) y como antisépticos (destrucción de microorganismos en la piel). Mecanismo de acción: deshidratan al microorganismo, lesionan la membrana celular tornando a los lípidos que la componen más solubles en agua, y producen precipitación y desnaturalización de proteínas. La precipitación y desnaturalización de proteínas depende de la presencia de agua y materia orgánica. El alcohol etílico rectificado (95 %) provoca gran deshidratación en los microorganismos, de manera que impide su penetración en los mismos. Por lo tanto, las concentraciones más efectivas son las que oscilan entre el 60 % y 80 % en agua destilada, siendo la preparación más efectiva al 70 %. Concentraciones por debajo del 50 % no causan ningún efecto. La materia orgánica inactiva los alcoholes, por lo que se recomienda limpiar la superficie antes de desinfectar con alcohol. Las lesiones en la membrana celular se deben a que el alcohol penetra en la región hidrocarbonada, desorganizando la estructura lipídica.

• Ácidos fuertes: Coagulan la ovoalbúmina. Si se agrega un exceso de ácido, el coágulo se disuelve con la formación de sintoninas o ácido-albúminas. Cuando se quema una porción de la piel, uno de los problemas graves es la pérdida de agua. Las proteínas de la superficie de la piel se desnaturalizan y coagulan, la corteza actúa entonces inhibiendo esta pérdida. Estos reactivos pueden afectar tanto a los puentes salinos como a los enlaces de hidrógeno.
  
•  Metales pesados: Rompen puentes salinos, formándose nuevos puentes con las sales de los iones pesados, de esta forma la proteína se desnaturaliza y coagula. Ingerir sales de metales pesados es muy peligroso, debido a que estos iones metálicos producen un tremendo caos entre las proteínas del organismo. Sobre todo las enzimas. Cuando estas sales se toman por accidente se pueden evitar que sus iones lleguen a la circulación general, haciéndolas precipitar en el estómago. Para ello la persona debe ingerir inmediatamente leche o clara de huevo. Los iones de los metales pesados desnaturalizan estas proteínas y quedan apresados en la masa coagulada. A continuación debe  obligarse a la persona a que vomite para eliminar ese material del estómago; de otra manera los jugos digestivos comenzarían a trabajar y terminarían por liberar los iones venenosos.